Velké změny v uspořádání kategorií přinesl rok 1990. O rok se snížily všechny věkové kategorie, změnil se i rozsah závodění. Ve výsledcích našich závodníků se to však neprojevilo, Petr Novák získal svůj další přebornický titul v novém československém rekordu v hodnotě 72,78m. Druhým místem mu ,,kryl“ záda Libor Prouza (64,24m) a v běhu na 400m doběhl třetí Jaroslav Veselý (50,45). Mladší dorostenec Marek Vodenka vybojoval stříbrnou medaili v běhu na 300m a Radek Čermák bronz ve skoku vysokém. Mezi muži obsadil pěkné páté místo Jiří Sládek ve vrhu koulí. Na přeborech ČSFR se tito závodníci prosadili o něco méně, avšak i tak to byl velký úspěch. Petr Novák a Jaroslav Veselý rovněž reprezentovali na trojutkání v Řecku. Veliký podíl na postupu mužského družstva do ligy měly vrhači Jiří Sládek, Pavel Sládek, Roman Starý, Karel Slovák, Petr Novák, Libor Prouza, Stanislav Pluhař, Antonín Slamínka a již pětatřicetiletý Miloš Krejza, který k platným výkonům v disku a kouli přidal kladivo. V soutěži bodovali všichni nastoupivší atleti, což se již dlouho nestalo. Polepšily si i ženy na třetí místo. Stejné místo obsadila i družstva mladších a starších dorostenců.
Mimo oslav padesátého výročí klubu se v Houštce konaly roku 1991 další dvě velké akce. První bylo Mistrovství ČR veteránů a druhou vyhlášení deseti nejlepších atletů sezony. V sezoně se vedlo Petru Novákovi, který se stal mistrem republiky v hodu oštěpem juniorů. Také jeho zásluhou obsadilo družstvo juniorů 4. místo ve finále družstev. Družstvo mužů si v II.lize vybojovalo pěkné třetí místo. Druhé místo pro ženské družstvo opět znamenalo zlepšení.
Ne zrovna růžově vyzněl pro družstva všech kategorií rok 1992. Družstvům se sice nedařilo, ale závody pořádané Slavojem Stará Boleslav dopadly úspěšně. Objevili se nové talenty i závodníci ochotní pomáhat při organizaci závodů. Z již známých atletů se podařilo Petru Novákovi zvítězit na mistrovství ČSFR v hodu oštěpem výkonem 66,40m, Libor Prouza obsadil místo páté. Sprinter J.Žemlička doběhl čtvrtý v B finále na 100m, sedmý na 200m. Radek Čermák ve výšce vybojoval 11.-12. místo a druhé místo v B finále si připsala H.Kutilová za 400m př. V tréninkové práci lze vidět L. Škaloudovou a P.Sládka, kteří se soustředili na nejmladší atlety. Zajímavým atletickým počinem se blýskl Ivo Drahorád, jenž na Světovém poháru v Amiens ve Francii předvedl nejrychlejší čs. běh na 100km sezony 1992(6:57:05hod).
Sezona 1993 vyzněla pro mužské družstvo o něco slibněji. Ve své skupině II.ligy obsadilo třetí místo. Juniorské družstvo posílené o dorostence se nijak výrazně neprosadilo, úspěch přineslo družstvo žáků. Žáci dokázali postoupit až do finále národní ligy, kde obsadili šesté místo. Oporami tohoto družstva byli T.Křenek, J.Císař, J.Náměstek, J.Hendrych, kteří nejvýznamněji promlouvali do bodování. Výkony ostatních však byly neméně významné. Ženské družstvo doplatilo na malý počet závodnic. O tom svědčí i fakt, že nebylo možné postavit družstva juniorek a dorostenek. Družstvo žaček však zaznamenalo úspěch, když obsadilo čtvrté místo ve finále skupiny. Mezi jednotlivci se blýskl v halové sezoně Petr Šiko, který získal na přeboru republiky zlatou medaili v běhu na 800m (1:58,22). Na dráze se vedlo Marku Vodenkovi, v běhu na 400m získal stříbrnou a na 200m bronzovou medaili. Bronzovou medaili získal i junior Radek Čermák za skok vysoký s výkonem 200cm. V trojskoku si připsal šesté místo další junior Václav Veselý. Na seniorském mistrovství republiky doběhl Jan Žemlička v běhu na 200m na celkovém desátém místě a desáté místo získal i Pavel Sládek v hodu diskem. Na žákovském mistrovství se dařilo většímu počtu závodníků, především oporám úspěšného družstva. Při pořádání domácích závodů je patrný nedostatek funkcionářů a rozhodčích, díky mimořádnému nasazení několika jedinců však nedochází k větším problémům.
Postup družstva mužů do I.ligy byl jasný cíl roku 1994. Podařilo se zajistit platné hosty, kteří nasbírali nemálo bodů. I když snaha byla značná, postoupit se nepodařilo. Pro družstvo žen byl cíl obdobný, postoupit do II.ligy. Ani jim se to však nepodařilo. U obou družstev došlo k výraznému zlepšení, což dává naději do dalších let. Družstva žáků a žákyň splnila očekávání svými postupy do oblastních finálových bojů. Situace v těchto kategoriích dává najevo potřebu stálé a trpělivé práce pro úspěch v dalších letech. V halové sezoně se předvedl na mistrovství ČR ve vícebojích Petr Bláha třetím místem. Čtvrté místo vybojoval překvapivě junior Libor Veselý v běhu na 400m. Na dráze se atletům ASB vedlo o něco lépe. V žákovské kategorii se stal mistrem republiky Josef Hendrych v hodu diskem a třetí místo ve skoku vysokém přidal Jan Tauchman. Libor Veselý si svými výkony v běhu na 400m řekl o účast v reprezentačním družstvu ČR na mezistátním utkání v Itálii. Na stadionu se stále nedostává rozhodčích a je tedy nutné zvát přespolní. To stojí nemalé finanční prostředky z rozpočtu. Také trenérů působí jen velmi málo, na počet okolo sedmdesáti atletů připadá pouhých pět trenérů.
Po několika méně úspěšných letech se opět začalo dařit roku 1995. Andrea Valešová k přebornickému titulu v kouli z halového mistrovství přidala titul v kouli a disku z mistrovství ČR pod otevřeným nebem. Navíc získala bronz v hodu oštěpem, čímž se, byť teprve žačka, stala nejúspěšnější členkou oddílu. V hale doplnila A.Valešovou třetím místem v kouli P.Náměstková. Dorostenec Petr Bláha ve skoku dalekém v hale zvítězil a na dráze obsadil druhé místo. Mezi juniory v hale si Marek Vodenka vybojoval v běhu na 400m stříbro a Libor Veselý doběhl čtvrtý. Na dráze získal Marek Vodenka v běhu na 200m stříbro, na 400m bronz a Libor Veselý obsadil místo páté. Petr Bláha a Marek Vodenka si svými výkony řekli o účast na mezinárodních závodech v dresu ČR. Družstvům se dařilo také velkolepě. Mužskému družstvu se konečně podařilo postoupit do I.ligy. Každý kdo nastoupil, bodoval, na každé kolo nastoupil plný počet závodníků, což je jistě obdivuhodné. Také proto houštečtí atleti zvítězili ve všech kolech s jasným náskokem. Dokázali se prosadit mladí závodníci, stejně jako ostřílení matadoři. Mezi nejlepší patřil Vodenka, Krejza!!, L.Veselý, Slamínka, V.Veselý, P.Sládek, ale i další přidali svůj větší či menší díl celkového koláče úspěchu. Družstvo žen si udrželo druholigovou příslušnost i do dalšího ročníku, družstvo juniorů obsadilo třetí místo v krajském přeboru, dorostenci i dorostenky postoupili do semifinále Mistrovství ČR družstev. Svůj díl na úspěších těchto družstev měla i spolupráce se Spolanou Neratovice. Závodníci a závodnice tohoto oddílu hostovali od mužského družstva až po družstva žákovská. Úspěšná tažení atletů přinesla i nové oddílové rekordy ve všech kategoriích.
Jednou z dalších úspěšných sezon byla bezpochyby ta roku 1996. Družstvo mužů nečekaně obsadilo třetí místo v I.lize, když o druhé postupové místo přišlo ve třetím kole o pouhé dva body. Jak málo, ale i hodně. Družstvo se podařilo posílit platnými hosty z USK, Sázavy a Neratovic, což společně s nadšením a výkony kmenových závodníků přispělo k tomuto úspěchu. Mezi opory patřili Žemlička, Vodenka, L.Veselý, Dušek, Krejza, Remeš a další. Díky zaměření těchto opor byly našimi nejsilnějšími disciplínami čtvrtka, dvoustovka, koule a kladivo. Družstvo žen posílené o závodnice Nymburka obsadilo vynikající druhé místo, nejlepší umístění od přestupu žen do Slavie Brandýs roku 1960. K domácím oporám Valešové a Sládkové se přidala nymburská Nováčková a platnými členkami se staly i žákyně. Z halového mistrovství přivezl junior Petr Bláha stříbro za skok daleký, dorostenka Andrea Valešová za vrh koulí a bronz získal Radek Ďuriš ve skoku vysokém. Na dráze obsadil Petr Bláha třetí místo ve skoku dalekém a Andrea Valešová v hodu diskem a vrhu koulí rovněž třetí místa. Na Mistrovství ČR žactva získala M.Ženatá stříbro ve skoku dalekém. Trenérské řady ke konci sezony posílila Květa Hájková z Ústí nad Labem.
Zpočátku roku 1997 se z již tak málo početné skupiny činovníku vytratili další dva. S otevřenou náručí byl tedy přivítán na post hlavního rozhodčího Vladimír Jadrný. Halová sezona přinesla juniorský bronz v podobě J.Náměstka v trojskoku a zlato díky A.Valešové v kouli. Bronzem se blýskl i Jan Březina v běhu na 3
00m. Na dráze bylo úspěchů přeci jenom více, junior L.Flemr doběhl druhý v běhu na 10000m, dorostenka A.Valešová získala dokonce tři medaile, a to stříbro za oštěp a disk a zlato za vrh koulí. Pod stupni vítězů zůstala juniorská oštěpařka D.Vodrážková a štafeta dorostenek na 4x400m Zárubová, Hlavatá, Sýkorová a Jakubová. Ze žákovského Mistrovství České republiky si vyběhl titul přeborníka J.Březina v běhu na 300m a druhé místo obsadila štafeta 3x300m Zárubová, Petýrková, Hlavatá. Tyto závodnice doplněné o Petýrkovou získaly ještě bronz ve štafetě 4x60m. Po odchodu několika opor družstva mužů to vypadalo zle. Během sezony se však ukázala správná volba nových hostů. Luboš Nováček z Nymburka a Jaroslav Fic z Bohemians Praha se stali velmi platnými závodníky. J.Fic vybojoval nejvíce bodů z celého družstva svými výkony v disku, kouli a kladivu. V těchto disciplínách jej vydatně podporoval ve svých 42 letech Miloš Krejza. Luboš Nováček spolu s A.Slamínkou, L.Prouzou a mladým P.Korimem vytvořili z oštěpu naši nejlépe bodovanou disciplínu. Za podpory několika sprinterů a skokanů se podařilo obhájit loňské umístění v I.lize. II.liga žen prošla mírnou přestavbou, byl snížen počet skupin a zvýšil se počet družstev v každé skupině. Očekával se tedy horší výsledek než předchozí sezonu. Statečným výkonem houšteckých závodnic, za vydatné pomoci nymburských a vlašimských hostujících atletek a pod taktovkou Jindry Pluhařové se družstvo umístilo na velice pěkném druhém místě. Významnými oporami byly A.Valešová, K.Lukšíková, J.Kárníková a V.Nováčková. Soupisky družstev juniorek, juniorů, dorostenek a dorostenců na začátku sezony slibovaly zajímavé výsledky. Zajímavými se opravdu staly, neboť k závodům se dostavil tak malý počet závodníků, až někdy vůbec nikdo. V žákovských družstvech na sebe upozornili Janové Březina a Buřil a Lucie Zárubová a Jakubová.
Díky spolupráci oddílu s 5.ZŠ v Brandýse prostřednictvím Květy Hájkové vznikly sportovní třídy, a proto bylo v Houštce stále plno mladých atletů. Již několik let také funguje na houšteckém stadionu Centrum talentované mládeže pod vedením Pavla Sládka. V soutěžích družstev se nejvíce dařilo ženám, které postoupily do I.ligy. Zásluhou Jakubové a Zarubové se již tolik bodů neztrácelo ve sprintech, díky stabilním vrhačským oporám se dařilo disku, kouli, oštěpu. Za družstvo bohužel nestartovaly závodnice Nymburka, protože měly do soutěže přihlášeno vlastní družstvo. Objevily se však atletky Rakovníka, které sbíraly cenné zkušenosti. Družstvo dorostenek postoupilo do semifinále, kde obsadilo šesté místo. Jádro tvořily většinou závodnice, které vydatně podporovaly ženské družstvo. A konečně ke družstvu mužů. Stejně jako loňskou sezonu, tak i nyní družstvo obsadilo jednu z čelných pozic v závěrečné tabulce I.ligy. Po několika prvních místech to bylo místo druhé, když jsme o vítězství přišli v posledním kole a to o pouhých 6 bodů. Nebýt několika absencí způsobených zraněními, mohli jsme pomýšlet i na finále. Vítězem bodování se jako předcházející rok stal Jaroslav Fic, následován Milošem Krejzou a Radimem Matyášem. Oddíl získal z halového mistrovství dvě stříbrné medaile, z výšky zásluhou dorostence R.Ďuriše a z vrhu koulí juniorek díky A.Valešové. Na dráze si R.Ďuriš polepšil a získal medaili zlatou, druhou zlatou přidal P.Korim v hodu oštěpem. A.Valešová získala opět tři medailová umístění, tentokráte zlaté v disku, stříbrné v kouli a bronzové v hodu oštěpem.
Tak jako několikráte v minulosti, nadešel i roku 1999 čas velkého činu. Než k němu však došlo, proběhl například tradiční Jarní běh, jehož se účastnilo neuvěřitelných 77 běžců. Na halovém mistrovství žactva získala Lucie Burdová dvě stříbra za 60 a 150m. V kategorii dorostu si L.Jakubová vyskákala v trojskoku bronz, juniorka A.Valešová v kouli vybojovala stříbro. 17.5.1999 z iniciativy Českého olympijského výboru, při stoletém výročí jeho založení byl odhalen obelisk z bílého mramoru. Mramorový kvádr darovalo italské město Carrera, na něm vytvořený basreliéf zobrazuje Emila Zátopka při doběhu helsinského maratonu. Příjezd manželů Zátopových doprovázely fanfáry Hudby posádkové zprávy. Odhalení přihlíželo velké množství zástupců tělovýchovy, města a mnoho dalších osobností. Krátké projevy přednesli předseda ČOV MUDr. Milan Jirásek, předseda ČAS ing.Karel Pilný a starosta města Brandýs nad Labem-Stará Boleslav ing.Daniel Procházka. Díky právě probíhajícím závodům bylo o výbornou kulisu postaráno. Zároveň s odhalením obelisku byla slavnostně otevřena síň slávy a při příležitosti této akce bylo založeno Atletické středisko Emila Zátopka. Sezona však pokračovala dále. Na Mistrovství ČR na dráze získal Ondřej Daněk bronz v běhu na 60m žáků,v běhu na 150m doběhl čtvrtý. Juniorka Andrea Valešová zvítězila v disku a v oštěpu přidala třetí místo. Ve vrhu koulí obsadila místo čtvrté. Na družstvo mužů přišla po čtyřech sezonách v první lize krize. Částečně za to mohlo zařazení do silné skupiny B, částečně generační výměna a nakonec i menší počet kvalitních hostů. Již potřetí se stal nejúspěšnějším závodníkem Jaroslav Fic. Druhé místo obsadil v bodování Miloš Krejza. Ostatní závodníci ve velmi silné konkurenci spíše sbírali zbytkové body. Ženské družstvo si po postupu do I.ligy vytyčilo za cíl se udržet . Zásluhou tradičních opor Valešové, Kárníkové a Jakubové se to podařilo. Družstvo juniorů bylo do sezony posíleno dorostenci a šesti hosty z Neratovic, ke kterým se přidal Tomáš Knébl z Rakovníka. Díky Ďurišovi, Březinovi a Krejčíkovi, kteří dokázali přes prázdniny zmobilizovat dalších deset chlapců se v rozhodujícím třetím kole oblastního přeboru podařilo porazit družstvo Kladna a postoupit do finále. V soutěži se průběžně prosazovali všichni závodníci a tak kolektivní výkon Korima, Ďuriše, Březiny, Krejčíka, Vondrušky, Knébla, Langera, Zemana, Buřila, Vlčka a Rybáře zařadil houštecké juniory na osmé místo v republice.